Film di Yûji Mikimoto

L'ispettore Zenigata riceve la notizia che il suo acerrimo nemico Lupin III è stato giustiziato. Anche lo stesso Lupin ha saputo la novità e quando entrambi si recano in Transilvania per controllare, si accorgono che l'uomo morto è un sosia perfetto di Lupin.

Un nuovo membro dell'Organizzazione Nera che ha rimpicciolito il corpo di Shinichi riesce a scoprire la trasformazione di Shinichi in Conan. Questa scoperta inizia a mettere in pericolo chi gli sta intorno, mentre Gin e gli altri membri dell'Organizzazione Nera iniziano ad agire.

In un futuro parallelo, la Terra vive un momento di splendore grazie alla scoperta del Sisma Drive, una fonte di energia virtualmente inesauribile e dall'alta compatibilità ecologica. Tuttavia la pace è ben lungi dall'essere raggiunta: due potenti organizzazioni si fronteggiano sullo scacchiere...