Film di Tadashi Sakai

2204: un futuristico sottomarino si avvicina al corpo sommerso di un gigantesco dragone a tre teste, di cui una scomparsa... 1992: un velivolo simile ad un disco volante sorvola la città di Tokyo, osservato da migliaia di persone, tra cui c'è anche la ESP Miki Saegusa, apparsa nel precedente...

L'impatto di un meteorite nell'oceano Pacifico, oltre a provocare varie catastrofi a livello climatico, risveglia Godzilla addormentato nel fondo del Pacifico. Un mese dopo ci viene presentato l'archeologo Takuya Fujito, molto simile ad Indiana Jones, che viene arrestato dalle autorità Thailandesi...

1992: pochi mesi dopo lo scontro tra Mothra, Godzilla e Battra, un grande uovo viene rinvenuto su un'isola. Il dottor Kazuma Aoki (inventore di una nave volante anti-Godzilla chiamata Garuda) e la dottoressa Azusa Gojo analizzano l'uovo ma il gigantesco pteranodonte Rodan attacca il campo base per...