Film di Tadashi Sakai

2204: un futuristico sottomarino si avvicina al corpo sommerso di un gigantesco dragone a tre teste, di cui una scomparsa... 1992: un velivolo simile ad un disco volante sorvola la città di Tokyo, osservato da migliaia di persone, tra cui c'è anche la ESP Miki Saegusa, apparsa nel precedente...

1992: pochi mesi dopo lo scontro tra Mothra, Godzilla e Battra, un grande uovo viene rinvenuto su un'isola. Il dottor Kazuma Aoki (inventore di una nave volante anti-Godzilla chiamata Garuda) e la dottoressa Azusa Gojo analizzano l'uovo ma il gigantesco pteranodonte Rodan attacca il campo base per...

L'impatto di un meteorite nell'oceano Pacifico, oltre a provocare varie catastrofi a livello climatico, risveglia Godzilla addormentato nel fondo del Pacifico. Un mese dopo ci viene presentato l'archeologo Takuya Fujito, molto simile ad Indiana Jones, che viene arrestato dalle autorità Thailandesi...