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Il demone Anubi viene risvegliato in Egitto dopo la fine del Torneo della Battaglia della Città. Esercitando il Potere dell'Ottavo Millennio, Anubi è determinato a distruggere Yugi - l'antico faraone che lo ha sconfitto in passato - e conquistare il mondo...

Quando una battaglia tra i Purple Dragons e quelle che sembrano essere le Tartarughe Ninja viene trasmessa in TV, le Tartarughe, per dimostrare al maestro Splinter che non hanno disobbedito all'ordine di rimanere nell'ombra, decidono d'indagare. Nel covo dei Purple Dragons le Tartarughe scoprono...